1981年，结合办学发展需要，学校在音乐系音乐师范专业的基础上，组建了音乐教育系。

音乐教育系现设理论（声乐）教研室和实践（键盘）教研室两个教研室。开设了《演唱》《演奏》《合唱与指挥》《钢琴伴奏与弹唱》《小型合奏乐编配法》《音乐教育学》《音乐教育学导论》《音乐教育心理学》《音乐课程标准与案例分析》《中国音乐史》《西方音乐史》等主干课程。其中，《音乐教育学》2020年被认定为省级一流课程。

音乐教育系现有专任教师13人，其中教授4人，副教授1人，硕士、博士专任教师7人，另有1位柔性引进专家，还有“兴滇英才支持计划”美育名师工作室1个、省级音乐教育导师团队1个。音乐教育系主动对标全国重点高校一流专业建设的先进理念和方法，依托云南丰富的文化资源，注重科技运用，已成为云南省和西部地区重要的音乐师资人才培养基地。